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El museo se ubica en el antiguo Cuartel de Liberia, edificio que en el pasado sirvió como comandancia militar, cárcel y centro de acopio de armas.
Fue creado oficialmente por decreto ejecutivo en 2005 como dependencia de la Dirección General de Cultura de Guanacaste.
La Ley Nº 8543 de 2006 formalizó su constitución, estableciendo que la municipalidad de Liberia debía ceder administración a una asociación encargada de su gestión